2009年4月18日（周六）日本上映
故事发生在梅雨季节刚过之际。东京、神奈川、静冈、长野一连发生了六起杀人事件。在被害人的身边都会留下一张麻将牌，从这一点中可以看出犯人是同一个人或者同一个组织所为。
在松本警视的号令之下，早速、目暮警部集合了各县辖的刑警们召开了搜查会议，同时也邀请了毛利小五郎参与协助调查。
为什么要将被害者绑架到其它场所进行杀害呢？
麻将牌是由谁留下的呢？
最后的被害者所留下的遗言：“七夕、今天…”，又有着什么含意呢？
被一堆无解之谜围绕之下的搜查会议就这样结束了，但就在此时，从会议中出来的柯南发现一个警察乘坐着黑色的跑车。“那辆车……难道，是琴酒！”
毫无疑问的，“黑暗组织”中的一人潜入会议场，然后乘坐琴驾驶的跑车逃走。
袭击工藤新一并给他喂毒药的琴酒为什么会出现在这里？
难道连续杀人事件是黑暗组织的所为吗？！
扰乱搜查的基安蒂与科恩；追踪嫌疑犯的贝尔摩德；计划暗杀重要人物的琴酒与沃卡。
以及谜般的人物爱尔利修（irish）。
随着搜查逐渐深入，柯南所在的帝丹小学受到了入侵。就在柯南知道了组织的阴影向着自己笼罩过来的同时，第七件杀人事件发生了。
七夕之日当天，出现了第七位牺牲者。
黑暗组织的圈套，将日本警察耍弄得团团转。
如果被琴知道本应该已经死亡的高中生侦探工藤新一，以着江户川柯南的姿势生存下来了的话，将不止是柯南，包括了灰原哀、阿笠博士、兰……所有的伙伴将会被一个不留地全部抹杀掉。
但是，琴酒暂时还不知道真相。还有可能利用这次事件对黑暗组织来个一网打尽。柯南对于它的危险性有了充份的觉悟，开始了独立的搜查。
系列第13弹，避无可避，命运的死亡游戏现在开始了！
另外官方网站上还公开了声优及STAFF的全部阵容：
【STAFF】
原作：青山刚昌
导演：山本泰一郎
脚本：古内一成
主题曲：仓木麻衣（PUZZLE）
主题曲下载：仓木麻衣(Mai Kuraki) -《PUZZLE/Revive》单曲CD
主题曲PV在线观看：仓木麻衣(Mai Kuraki) -《PUZZLE/Revive》ＰＶ
策划：诹访道彦•吉冈昌仁
人物设定•总作画监督：须藤昌朋
美术：涉谷幸弘
色彩设计：西香代子
摄影：野村隆
编辑：冈田辉满
录音监督：浦上靖夫•井泽基
音响效果：横山正和
音乐：大野克夫
动画制作：东京MOVIE